Indonesia terletak di antara 6º LU – 11º LS dan 95º BT - 141º BT, antara Lautan Pasifik dan Lautan Hindia, antara benua Asia dan benua Australia, dan pada pertemuan dua rangkaian pergunungan, iaitu Sirkum Pasifik dan Sirkum Mediterranean.
Dilihat dari lintangnya, Indonesia terletak di antara 6º LU (Lintang Utara) dan 11º LS (Lintang Selatan). Letak lintang yang sedemikian itu merupakan petunjuk bahwa:
- Sempadan bagian utara wilayah Indonesia ialah 6º LU dan paling selatan ialah 11º LS. (Tempat paling utara ialah Pulau We dan tempat yang paling selatan ialah Pulau Roti).
- Jarak lintangnya ialah 17º. Sebagian besar wilayah Indonesia terletak di belahan bumi selatan. Wilayah Indonesia dilalui oleh garis khatulistiwa.
Dilihat dari letak garis bujurnya, wilayah Indonesia terletak diantara 95º BT dan 141º BT. Ini berarti:
- Batas paling barat wilayah Indonesia ialah 95º BT dan paling timur ialah 141º BT.
- Jarak bujurnya ialah 46º (sekitar 5000 km, atau hampir 1/8 keliling bumi). Perbedaan garis bujur sedemikian itu menyebabkan adanya perbedaan waktu.
- Semua wilayah Indonesia terletak dibelahan bumi timur (dihitung dari meridian 0º).
Letak astronomi mengakibatkan terjadinya perbedaan waktu sekitar 3 jam (yang lebih tepatnya 46 x 4 menit = 184 menit) antara bagian paling timur dengan bagian paling barat Indonesia.
Sejak tanggal 1 Januari 1988 di Indonesia diberlakukan pembagian daerah waktu yang baru, menggantikan pembahagian waktu lama yang berlaku sejak 1 Januari 1964. Dengan berlakunya pembahagian daerah waktu baru ini, terjadi pergeseran waktu di beberapa tempat.
Daerah Waktu Indonesia Barat (WIB). Waktu Indonesia Bagian Barat berdasarkan meridian pangkal 105º BT, meliputi keseluruhan Provinsi di pulau Sumatera, seluruh Provinsi di pulau Jawa, ProvinsiKalimantan Barat dan Provinsi Kalimantan Tengah (mempunyai selisih waktu 7 jam lebih awal daripada waktu Greenwich).
Daerah Waktu Indonesia Tengah (WITA). Berdasarkan meridian pangkal 120º BT, meliputi Provinsi Kalimantan Timur, Kalimantan Selatan, Bali, Nusa Tenggara Barat (NTB), Nusa Tenggara Timur (NTT), dan seluruh Provinsi di Sulawesi (mempunyai selisih waktu 8 jam lebih awal daripada Greenwich).
Daerah Waktu Indonesia Timur (WIT). Waktu Indonesia Bahagian Timur berdasarkan meridian pangkal 135º BT, meliputi seluruh provinsi di Irian Jaya (Papua), Maluku, dan Maluku Utara (mempunyai selisih waktu 9 jam lebih awal daripada waktu Greenwich).
Indonesia memiliki lebih dari 400 gunung berapi and 130 di antaranya termasuk gunung berapi aktif. Sebagian dari gunung berapi terletak di dasar laut dan tidak terlihat dari permukaan laut. Indonesia merupakan tempat pertemuan 2 rangkaian gunung berapi aktif (Ring of Fire). Terdapat puluhan patahan aktif di wilayah Indonesia.
Sebagian ahli membagi Indonesia atas tiga wilayah geografis utama yakni:
- Kepulauan Sunda Besar meliputi pulau Jawa, Sumatra, Kalimantan, Sulawesi.
- Kepulauan Sunda Kecil meliputi Bali, Nusa Tenggara Barat dan Nusa Tenggara Timur.
- Kepulauan Maluku dan Irian
Karena hal tersebut maka ahli biogeografi membagi Indonesia atas kehidupan flora dan fauna yakni:
- Daratan Indonesia Bagian Barat dengan flora dan fauna yang sama dengan benua Asia.
- Daratan Indonesia Bagian Tengah (Wallacea) dengan flora dan fauna endemik/hanya terdapat pada daerah tersebut.
- Daratan Indonesia Bagian Timur dengan flora dan fauna yang sama dengan benua Australia.
Berdasarkan Garis-garis Besar Haluan Negara (GBHN) 1993, maka wilayah Indonesia dibagi menjadi 2 kawasan pembangunan:
- Kawasan Barat Indonesia. Terdiri dari Jawa, Sumatra, Kalimantan, Bali.
- Kawasan Timur Indonesia. Terdiri dari Sulawesi, Maluku, Irian/Papua, Nusa Tenggara Barat dan Nusa Tenggara Timur.
Namun suhu juga sangat bevariasi; dari rata-rata mendekati 40 derajat Celsius pada musim kemarau di lembah Palu - Sulawesi dan di pulau Timor sampai di bawah 0 derajat Celsius di Pegunungan Jayawijaya - Irian. Terdapat salju abadi di puncak-puncak pegunungan di Irian: Puncak Trikora (Mt. Wilhelmina - 4730 m) dan Puncak Jaya (Mt. Carstenz, 5030 m).
Ada 2 musim di Indonesia yaitu musim hujan dan musim kemarau, pada beberapa tempat dikenal musim pancaroba, yaitu musim di antara perubahan kedua musim tersebut.
Curah hujan di Indonesia rata-rata 1.600 milimeter setahun, namun juga sangat bervariasi; dari lebih dari 7000 milimeter setahun sampai sekitar 500 milimeter setahun di daerah Palu dan Timor. Daerah yang curah hujannya rata-rata tinggi sepanjang tahun adalah Aceh, Sumatera Barat, Sumatera Utara, Riau, Jambi, Bengkulu, sebagian Jawa barat, Kalimantan Barat, Sulawesi Utara, Maluku Utara dan delta Mamberamo di Irian.
Setiap 3 sampai 5 tahun sekali sering terjadi El-Nino yaitu gejala penyimpangan cuaca yang menyebabkan musim kering yang panjang dan musim hujan yang singkat. Setelah El Nino biasanya diikuti oleh La Nina yang berakibat musim hujan yang lebat dan lebih panjang dari biasanya. Kekuatan El Nino berbeda-beda tergantung dari berbagai macam faktor, antara lain indeks Osilasi selatan atau Southern Oscillation.
